После дерзкого нападения на президента США, совершенного мутантом по имени Ночной Змей, общественность охватывает паника. Правительство вводит новые, жесткие меры по контролю над мутантами, а в особняке профессора Ксавьера происходит вторжение. Военные силы, возглавляемые полковником Страйкером, проникают в школу, вынуждая Людей Икс бежать. В ходе расследования выясняется, что Страйкер создал секретную базу, где проводит эксперименты над мутантами, пытаясь создать оружие, способное уничтожить всех носителей гена Икс. Выясняется, что его собственный сын, обладающий способностью контролировать разум, является ключом к этому плану. Росомаха сталкивается с призраками своего прошлого, когда узнает, что именно Страйкер был тем, кто вживил ему адамантиевый скелет и стер память. В то же время Магнето, находясь в пластиковой тюрьме, разрабатывает собственный план, чтобы использовать ситуацию в своих интересах. Он объединяется с Мистикой, чтобы освободиться и перехватить контроль над сыном Страйкера, намереваясь направить его силу против человечества. Кульминация происходит на секретной плотине, где Люди Икс должны остановить запуск смертоносного устройства, которое лишит всех мутантов их способностей, и одновременно помешать Магнето уничтожить человеческую расу. Ценой невероятных усилий и жертв, включая гибель Джины Грей, команде удается сорвать оба плана, но последствия их действий оставляют глубокий след в отношениях между людьми и мутантами.